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  • nicolaswilland5

Offre de thèse en chimie organique et médicinale


Développement de nouveaux agents anti-biofilms pour le traitement des infections liées à la mucoviscidose : conception, synthèse et validation du mécanisme d'action


Intitulé du poste : Doctorant (H/F) en chimie organique et médicinale

Financement : ANR

Salaire : mensuel brut 2135 euros

Durée du contrat : 36 mois : 01 janvier 2024 – 31 décembre 2026

Lieu de travail : LGC, IPBS, CNRS, Université Paul Sabatier Toulouse 3, campus de Rangueil

Mots-clés :

Synthèse organique, inhibiteurs, biofilms, P. aeruginosa, S. aureus, Quorum Sensing, mécanisme d’action, interaction cible-ligand, mucoviscidose.


Projet :

Le projet de thèse vise à développer de nouveaux inhibiteurs efficaces contre les biofilms bactériens résistants, composés des pathogènes Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus, qui causent des infections persistantes, souvent mortelles chez les patients atteints de mucoviscidose. L’approche vise à inhiber le Quorum Sensing (QS), système de communication cellulaire entre bactéries, comme cible moléculaire originale. L’inhibition du QS empêche la formation des biofilms et maintient les bactéries sensibles aux antibiotiques, sans cibler directement leur survie. Nous avons récemment développé une série d’inhibiteurs du QS capables d’empêcher la formation de biofilms à P. aeruginosa, sans effet cytotoxique sur cellules pulmonaires [1]. De cette première série, nous avons sélectionné des molécules-hits en vue de leur optimisation chimique. Parallèlement, nous avons développé un modèle de biofilm mixte P. aeruginosa/S. aureus pour l’étude des interactions entre les deux pathogènes et l’évaluation de nouveaux inhibiteurs [2].


Le projet prévoit l’optimisation QSAR des hits identifiés, la synthèse assistée par micro-ondes et la caractérisation de nouveaux composés et adduits grâce aux techniques maitrisées dans l’équipe d’accueil (RMN 1H, 13C, 1D et 2D, MS). D’autre part, l’élucidation du mécanisme d’action des molécules les plus actives permettra l’identification de(s) protéine(s) cibles chez P. aeruginosa et S. aureus. La purification des protéines et la caractérisation des interactions molécules/cibles seront réalisées en collaboration avec la plateforme PICT de l’IPBS.

Le/La doctorant-e sera intégré-e dans une équipe multidisciplinaire. Il/Elle travaillera sous la direction de Dr F. El Garah au LGC (site faculté de pharmacie) et Dr H. Marrakchi (IPBS).


Profil :

Le/la candidat-e doit avoir un M2 en chimie organique et démontrer un intérêt particulier pour la recherche à l’interface entre la chimie et la biologie. Une expérience de stage M2 en synthèse organique multi-étapes, purification et caractérisation structurale est nécessaire. Des compétences en modélisation moléculaire et/ou en synthèse peptidique seront un réel avantage pour ce projet.

Un bon niveau en anglais, écrit et parlé, est également demandé.


Informations :

Pour candidater, il faut envoyer les documents suivants dans un PDF unique à Dr Fatima El Garah (fatima.elgarah@univ-tlse3.fr) et Dr Hedia Marrakchi (hedia.marrakchi@ipbs.fr) :

(1) Lettre de motivation démontrant l'intérêt pour le projet

(2) CV incluant la formation complète, les stages et les coordonnées de deux références

(3) Une lettre de recommandation du responsable de stage de M2.


Références:

1. Trognon, J., et al., Investigation of Direct and Retro Chromone-2-Carboxamides Based Analogs of Pseudomonas aeruginosa Quorum Sensing Signal as New Anti-Biofilm Agents. Pharmaceuticals, 2022. 15(4).

2. Trognon, J., et al., NaCl-induced modulation of species distribution in a mixed P. aeruginosa / S. aureus /B. cepacia biofilm. Biofilm, 2023. 6: p. 100153.


PhD Thesis LGC-IPBS Toulouse_FR and EN
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